２０１０年、ゲヒルン本部、発令所、 ナオコがレイの首を締めていた。 司令塔の影から碇がその光景を見ていた。 （ふっ、シナリオ通りだ） その時、爆発音が聞こえた。 「何！？」 レイは地面に落ちた。 突如、特殊部隊が発令所に雪崩れ込んで来た。 ナオコが射殺された。 碇も直ぐに見つかり銃口を突き付けられた。 「くっ」 「ゲヒルン所長、碇ゲンドウだな、」 「・・・そうだ・・・・」 銃声が発令所に響いた。 ゼーレ、そして、ゲヒルン首脳陣のシナリオから大きく外れてしまった。 そして、５年後、シナリオ無き戦いが始まる。